(Ex)Debianeando

Bueno, pues aquí estamos, presentando la segunda entrega de esta sección especialmente dedicada a la ciencia. Como ya se adelantó, seguiremos hablando de BLAST. En un principio tenía pensado meterme de lleno en explicar en profundidad como funciona el algoritmo que lo sustenta etapa por etapa, pero teniendo en cuenta que la anterior entrada no suscitó un gran interés (lo cual es lógico, por otra parte, al tratarse de una herramienta muy específica) creo que no merece la pena invertir tiempo y esfuerzo en ello. Además, es un tema relativamente complejo que requeriría constantes ejemplos visuales e introducción de conceptos abstractos y que nos llevaría inevitablemente a incluir temas como el soft-masking o las estadísticas de alineamiento local que no harían sino alargar las explicaciones hasta un punto al que quizá no nos interese llegar. Así que por ahora, dejo esa parte de lado, a quien le pueda interesar tiene bibliografía de sobra para aprenderlo por su cuenta.

Para aquellos que uséis Debian Wheezy y además seáis usuarios de PCManFM, os habréis dado cuenta de que el automount ha dejado de funcionar. Al insertar el dispositivo, aparece en la barra lateral, pero en lugar de montarlo automáticamente el gestor de archivos devuelve un soso "Not authorized". Soso pero revelador, algo pasa con los permisos (si lo montas manualmente no da problema).

Pues bien, el problema no es del gestor de archivos, que el pobrecito bien se queja de que hace lo que puede:

Sino de udisk. La solución, editar el archivo:

Y cambiar

por su análogo afirmativo.

Inauguro la nueva sección con un peso pesado en el mundo de la bioinformática, que ya que nos ponemos, pues nos ponemos a lo grande, que no se diga. Y el invitado de honor no es otro que BLAST, la piedra filosofal en torno a la que giran la mayor parte de análisis bioinformáticos en la actualidad. En este breve artículo daré unas ligeras pinceladas sobre qué es BLAST, para qué se utiliza, las diferentes formas de usarlo e intentaré explicar brevemente cómo funciona el potente algoritmo en el que se sustenta.

Inauguro nueva sección en el blog aprovechando mi reciente colaboración con PillateUnLinux, en el que básicamente me dedicaré a desarrollarla. La idea inicial es publicar las entradas prácticamente por duplicado, a pesar de que es muy posible que introduzca ligeras modificaciones para dar lugar a dos versiones, una algo más simple para Pillateunlinux, un blog más generalista, y otra para esDebian, donde profundizaré algo más en el uso de comandos, ficheros de configuración, opciones de compilación, etc.

La finalidad de la nueva sección es presentar uno más de los campos en los que GNU/linux no es sólo perfectamente funcional sino que además se constituye como el elemento preferencial de muchos de sus usuarios, la ciencia.

Todo esto surgió hace un par de días por la tarde, cuando en pleno ataque versionítico me empeñé en instalar Iceweasel 4.0 (bajo el claro efecto del 'c-u-l-o veo, c-u-l-o quiero')